El origen de los acervos de la Biblioteca inició a la par con la fundación de la Universidad Iberoamericana (Centro Cultural Universitario) en 1943. En un principio cada escuela contaba con su correspondiente colección bibliográfica, en los años sesenta se centralizaron estas colecciones independientes para dirigir los servicios de información desde una única biblioteca universitaria, a la cual en 1977 se le asignó el nombre del reconocido historiador jesuita “Francisco Xavier Clavigero”.